如何用命令对fasta格式的序列按长短排序
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。
NCBI BLAST程序可以在命令行中使用，通过输入FASTA格式的序列文件和指定相应参数来进行序列比对和分析。对于需要处理大于100条序列的情况，可以将这些序列保存在一个FASTA文件中，并在命令行中指定该文件路径即可。
fasta是常用的序列存储格式，软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件，例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。
Linux的shell文件如何来执行命令添加计划任务?
用户任务调度：用户定期要执行的工作，比如用户数据备份、定时邮件提醒等。用户可以使用 crontab 工具来定制自己的计划任务。所有用户定义的crontab文件都被保存在/var/spool/cron目录中。
linux shell脚本执行方法一： 切换到shell脚本所在的目录(此时，称为工作目录)执行shell脚本：cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh。
这些目录中的文件应该是 shell 脚本，并且具有可执行权限(chmod +x filename)。如果某 cron 任务需要根据调度来执行，而不是每小时、每日、每周、或每月地执行，它可以被添加到/etc/cron.d目录中。
crontab命令格式为： crontab [-u username] [file] [ -e | -l | -r ] 设置定时任务和时间紧密相关，如果服务器的时区时间设置和本地不同，就不能保证计划任务的正确执行。所以使用crontab的第一步，是调节好服务器的时间。
首先，连接相应linux主机，进入到linux命令行状态下，等待输入shell指令。在linux命令行下输入shell指令：crontab -e，进入crontab编辑状态。
建议： 将需要定期执行的任务写入脚本中， 建立/scripts目录统一存放脚本， 脚本中命令必须使用绝对路径，手动执行脚本检测输出是否正常， 然后将脚本加入计划任务测试， 测试后无问题将脚本输出写入对应的日志文件中即可。
linux查找目录下的所有文件中是否含有某个字符串
1、linux系统自带的grep命令是一个强大的搜索工具，可以从各文件中查询匹配的字符信息。
2、表示当前目录所有文件，也可以是某个文件名。grep命令的常用格式为：grep [选项] ”模式“ [文件]。
3、步骤详解格式：grep “要查找的字符串” 文件名 例子：grep 19160.1 /etc 文件名可以使用基本正则表达式（BRE），例如， 查找test目录下的所有文件，是否包含字符串。
4、Linux 系统中可以使用 grep 命令实现该功能。例如：grep my_string *.txt 其中：$ 表示普通用户的提示符，该命令的作用是：在所有的文本文件(*.txt)中查找出包含有my_string字符串的文本文件，并显示在显示器上。
linux新建文件命令是什么?
终端下键入：touch加文件名，这样就创建了一个文件。用ls命令即可查看刚刚创建的文件。然后就可以随意编辑这个文件了。
Linux文件和目录的新建命令有：touch、mkdir、cp、mv等。
创建文件夹使用【mkdir x】命令；创建文件使用【touch x/a.txt】命令；删除文件夹使用【rm -rf x/】命令 。
